CD Skripsi
Analisis Multilokus Barkode DNA Pada Famili Cucurbitaceae
Famili Cucurbitaceae merupakan famili yang sangat beragam dalam tumbuhan berbiji tertutup dan sering dijadikan obat tradisional karena menghasilkan metabolit sekunder berupa Cucurbitacin B, D, E, dan I. Identifikasi dan penentuan hubungan kekerabatan antar spesies dalam famili Cucurbitaceae menggunakan lokus barkode DNA tunggal sampai saat ini masih kurang efisien. Tujuan dari penelitian ini ialah untuk menganalisis kombinasi multilokus barkode DNA yang tepat dan efektif untuk identifikasi spesies dari famili Cucurbitaceae. Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah database sekuens matK, rbcL, ITS dan trnL-F IGS dari Famili Cucurbitaceae dan outgroup yaitu Tetrameles nudiflora yang dieksplor dari Genbank melalui website NCBI, dan kemudian dilakukan MSA (Multiple Sequence Alignment) menggunakan perangkat lunak MAFFT v.7. dan pengeditan sekuens menggunakan Bioedit v.7.2. lalu dilakukan analisis sekuens DNA dan konstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA 11. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lokus ITS adalah barkode yang paling efisien untuk mengidentifikasi dan membedakan spesies dalam famili Cucurbitaceae. Kombinasi multilokus dari lokus ITS, matk, dan trnL-trnF IGS juga berpotensi untuk mengidentifikasi dan membedakan spesies dalam famili Cucurbitaceae dengan syarat yaitu ITS harus diikutsertakan (menjadi lokus utama) dan tidak mengikutsertakan rbcL karena variabilitasnya yang rendah.
Kata Kunci: Cucurbitaceae, matK, rbcL, ITS, trnL-F IGS
Tidak tersedia versi lain